档案整理，就是按照文件材料的形成规律，根据科学的理论和方法，把档案整理成便于保管和利用的有序体系的业务活动。《机关档案管理规定》提出了档案整理的基本原则，即“遵循文件材料的形成规律，保持文件材料之间的有机联系，区分不同价值，便于保管和利用”。按照上述原则，档案整理的基本流程包括：确定档案整理单位、揭示档案之间的内在联系、确定档案先后次序、为档案提供唯一标识符、编制检索工具，也就是组件（卷）、分类、排列、编号与编目等五个步骤。
组件（卷）
档案整理的第一步，就是要确定档案的基本整理单位，即组件或组卷，以此明确件（卷）的构成以及件（卷）内的排序。
在件的构成中，对于照片、录音、录像、实物档案，一张照片、一盒录音、一盘录像、一件实物即为一件。文书档案件的构成要复杂一些，收文一般包括文件处理单、文件正本，发文一般包括文件正本、发文稿纸、定稿、重要文件历次修改稿等，各种稿本往往还会包括正文、附件。在件内排序时要求正文在前、附件在后，正本在前、定稿在后，有文件处理单或发文稿纸的，文件处理单在前、收文在后，正本在前、发文稿纸和定稿在后。
组卷（以科技档案为例）时，科研课题、建设项目、设备仪器方面的科技文件一般按其课题、工程项目、台（套）等分别组卷，管理性科技文件应放入所针对的项目文件中，按阶段或分年度组卷。科技档案卷内文件一般应文字材料在前、图样在后，案卷内管理性文件按问题结合时间（阶段）或重要程度排列。
分类
分类指的是档案归类，即将完成组件（卷）的档案按照分类方案划分、归入相应的层次和类别，揭示档案内在联系，使档案形成一套有机体系。
文书档案一般采用年度、机构（问题）、保管期限分类项进行复式分类，如：年度—机构（问题）—保管期限、年度—保管期限—机构（问题）、年度—保管期限等。规模较大或公文办理程序适于机构（问题）分类的立档单位，一般采用年度—机构（问题）—保管期限、年度—保管期限—机构（问题）三级分类；规模较小或公文办理程序不适于按机构（问题）分类的立档单位，可采用两级分类，如：年度—保管期限分类法。
照片、录音、录像、实物档案分类方法与文书档案类似，但一般按照问题进行分类较为适宜，即照片、录音、录像档案按照问题或事由分类，实物档案按印章、题词、奖牌、奖章、证书、公务礼品等问题分类。档案数量较少的，也可以不分问题，采用两级分类。常见的分类方法包括：年度—问题—保管期限、年度—保管期限—问题、年度—保管期限等。
排列
排列是在分类方案最低一级类目内，根据一定的方法确定档案先后次序的过程。以件为单位整理的文书档案在最低一级类目内，按时间结合事由排列，同一事由的文件按照形成先后顺序排列；以卷为单位整理的科技档案，科研类、建设项目类档案可按照课题研究、项目建设工作顺序排列，设备仪器类档案可按照立项、验收、安装、维护等过程排列；照片、录音、录像、实物档案在最低一级类目内按照时间排列即可。
编号
档案编号是对分类排列后的档案编制档号。档号是在档案整理过程中赋予的一组数字、字符的集合，能够反映档案的基本属性，指示档案在全宗中的位置。
以件为单位整理档案，按照年度—机构（问题）—保管期限进行分类的，其档号结构为：全宗号—档案门类代码·年度—机构（问题）—保管期限—件号。比如，Z109全宗文书类2019年永久档案办公室第1件、Z109全宗照片类2019年永久档案第1专题第1件，按照规则确定的档号为：Z109—WS·2019—Y—BGS—0001、Z109—ZP·2019—Y—001—0001。采用“年度—保管期限”进行分类的，其档号结构为：全宗号—档案门类代码·年度—保管期限—件号。前例档案，去掉机构（问题）分类要求，按照本规则确定的档号为：Z109—WS·2019—Y—0001、Z109—ZP·2019—Y—0001。
以卷为单位整理的档案，其档号结构为：全宗号—目录号（类别号、项目号）—案卷号—件、页（张）号，比如，Z109全宗科技档案科研项目第1项第1卷第3件、Z109全宗会计档案2019年度第15卷第21件，按照本规则确定的档号为：Z109—KJ·KY01—001—0003、Z109—KU·2019—015—0021。
编目
编目就是编制档案目录。以件为单位整理档案应编制归档文件目录，以卷为单位整理档案应编制案卷目录和卷内文件目录。目录编制时应按照分类、排列的结果，依据档号顺序，逐卷、逐件开展。每一卷档案、每一件档案在目录中体现为一个条目。在信息化条件下，档案目录不仅仅体现为纸质目录，同时也体现为电子目录，既方便手工查阅、档案交接，又方便计算机检索。需要注意的是，使用电子表格或者文字处理软件进行目录编制的，项目内容应直接输入完成，不加入空格、回车，以免影响数据完整性，给数据检索带来麻烦。
虽然不同门类档案整理的一般要求基本相同，但在具体要求上存在一定差异，尤其是采用不同整理方式时差异就更为明显。为解决此问题，《规定》提出了“卷件融合”新思路，从整理思路、档案管理、档号编制、目录编制上将卷、件整理方法逐步统一起来，实现档案资源的融合管理。
